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國立台南大學附中,創立於民國二十八年四月一日,原名台南州立台南農校,修業年限五年,三十三年三月改為四年制,民國三十四年十月本省光復後,奉命改為省立台南農校,分設高、初級部,均為三年制。四十六年秋初級部停止招生,四十八年八月改為台灣省立台南高級農業職業學校,八十九年二月一日改為國立台南高級農業職業學校,九十二年八月一日改為國立台南師範學院附屬高級中學,九十三年八月一日改為國立台南大學附屬高級中學。本科於創校時即已成立,至今已有七十餘年,民國五十年以前是全省獨一無二之珍貴科系,故入學錄取分數最高,畢業後就業容易,當時台灣省政府水利局大部份是本科畢業生。本校傑出校友本科亦佔多數,有四位校友榮登八十八年教育部技職教育名人錄,分別為專業類黃金山、呂榮晉、陳金溪三位及教育類楊居成一位。
本學程近五、六年來升學屢創佳績,在全國土建類升學成績名列前茅, 近五年國立科技大學錄取率約77%,近五年可上台科大北科大約32%,近五年依統測成績可上國立科大約97%。