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國立台南大學附中，創立於民國二十八年四月一日，原名台南州立台南農校，修業年限五年，三十三年三月改為四年制，民國三十四年十月本省光復後，奉命改為省立台南農校，分設高、初級部，均為三年制。四十六年秋初級部停止招生，四十八年八月改為台灣省立台南高級農業職業學校，八十九年二月一日改為國立台南高級農業職業學校，九十二年八月一日改為國立台南師範學院附屬高級中學，九十三年八月一日改為國立台南大學附屬高級中學。本科於創校時即已成立，至今已有七十餘年，民國五十年以前是全省獨一無二之珍貴科系，故入學錄取分數最高，畢業後就業容易，當時台灣省政府水利局大部份是本科畢業生。本校傑出校友本科亦佔多數，有四位校友榮登八十八年教育部技職教育名人錄，分別為專業類黃金山、呂榮晉、陳金溪三位及教育類楊居成一位。
本學程近五、六年來升學屢創佳績，在全國土建類升學成績名列前茅， 近五年國立科技大學錄取率約77%，近五年可上台科大北科大約32%，近五年依統測成績可上國立科大約97%。
