國立台南大學附屬高級中學(以下簡稱本校)創立於民國二十八年四月一日,
原名台南州立台南農業學校,分設農業、獸醫畜產、農業土木三科,修業期限五年。
三十三年三月縮短為四年制。民國三十四年十月本省光復後,
奉命改為台灣省立台南農業職業學校,分設高、初級部,均為三年制。
四十六年秋,初級部停止招生。四十八年八月再度改名為台灣省立台南高級農業職業學校,
民國八十六年八月部分班級試辦綜合高中,
民國九十二年八月一年級全部轉型為綜合高中,並改名為國立台南師範學院附屬高級中學,
民國九十三年八月一日起,因台南師範學院改制大學,本校隨之改名為國立台南大學附屬高級中學。
民國三十四年吳錦寓先生奉派為光復後首任校長,
先後歷經李道坦先生、章今默先生、滕詠延先生、賈守勗先生、成天驥先生、任藝華先生及江佐顯先生,
八十五年八月陳春雄先生奉派接任至九十五年七月止,
九十五年八月起由國立台南大學管志明先生接任視事至今。
如今時代變遷,社會對農業人才的需求由量的增加改為質的提高,
為了因應時代潮流,全體同仁努力耕耘,希望開創更美好的學校願望。